El rector es la máxima autoridad de la Universidad. Tiene a su cargo:

• La representación de la Universidad y el ejercicio de la jurisdicción superior universitaria;
• Presidir las deliberaciones del Consejo Superior y ejecutar sus resoluciones;
• Ejercer la conducción administrativa, económica y financiera de la Universidad;
• Organizar las Secretarías de la Universidad, designar y remover a sus titulares cuyos cargos serán docentes.
• Designar, promover y remover al personal No Docente de la Administración Central, conforme a las normas de la materia;
• Designar, promover y remover al personal docente de Escuelas dependientes del Rectorado, conforme a sus reglamentaciones;
• Orientar las actividades académicas, de investigación y de extensión de la Universidad;
• Expedir los Títulos, Diplomas, distinciones y honores Universitarios, de acuerdo con la reglamentación pertinente,
• Ejercer la jurisdicción disciplinaria en el ámbito de su competencia;
• Resolver cualquier cuestión urgente de competencia del Consejo Superior Adreferéndum del mismo, poniendo la cuestión a consideración del órgano en la primera sesión ordinaria inmediata siguiente; 
• Ejercer las demás atribuciones que hacen a las funciones ejecutivas de la Universidad y que no correspondan a las Facultades;

El cargo de Rector es Docente e impone dedicación exclusiva a la Universidad y su titular durará cuatro (4) años en sus funciones. El Vicerrector durará en sus funciones cuatro (4) años. Ambos pueden ser reelectos una sola vez